Filtrace je základem stabilního akvária – odstraňuje nečistoty, zachytává detrit a pomáhá udržet vodu čistou i biologicky vyrovnanou. V této kategorii najdete vše od filtračních nádrží (sumpů), předfiltrů a různých typů filtrů (vnější, vnitřní, závěsné, hladinové) až po UV sterilizátory, filtrační média a filtrační vložky, pěny či držáky. Při výběru se vyplatí zaměřit hlavně na objem akvária, skutečný průtok, snadnou údržbu a kombinaci mechanické a biologické filtrace podle toho, zda jde o mořské, sladkovodní, nebo karanténní akvárium.